Сыном Шах-Джахана был Аурангзеб (1658-1707), свергший своего отца и заключивший его в тюрьму форта Агры до конца жизни. Набожный мусульманин, пуританин как в одежде, так и в личных вкусах, он запретил музыку при дворе и сжег портреты принцев, считая их нарушением запрета изображать людей, налагаемого исламом. Любые понятия о религиозной терпимости также были отменены. Сикхи были вырезаны, индуистские храмы в Варанаси и Матхуре разрушены, а строительство новых храмов запрещалось.

Могольская миниатюра: Шах-Джахан на троне
Налоги на немусульман были возвращены; торговцы-индусы были вынуждены платить двойные пошлины за свой товар. Аурангзеб модернизировал слабую администрацию его предшественников, но он почти разорил царство военными кампаниями с целью расширить империю до юга и сражениями против мятежников на севере.
Наиболее значительное сопротивление оказали маратхи, в штате, который сегодня называется Махараштра, около Бомбея. Борцов возглавлял Шиваджи (1627-1680), храбрый военный командир и истинный индийский народный герой.
Начиная от Пуны, Шиваджи выгнал султанов Декана в Биджапуре и Моголов в Пурандаре. Аурангзеб вынудил его в конце концов подчиниться, но оскорбительный прием, который ему оказали при дворе, заставил его снова встать на тропу войны. Тогда Шиваджи сам провозгласил себя королем маратхов, а чтобы заплатить своим солдатам, разграбил страну к востоку до Мадраса.